三清山区域地层自
元古宙至第四纪地层均有不同程度的出露。包括有中新元古界的张村群、河上镇群、南华系、震旦系、古生界、中生界等。
中新元古界的张村群，分布于三清山北部地带，为洋盆岛弧型蛇
三清山区域大地构造位置图 [1]绿混杂岩，岩石组合有浅变质细碧岩、石英角斑岩、火山凝灰质-泥砂质浊流沉积，混杂大量蛇绿岩块体。新元古界主要分别于三清山的北部地区，其下部为河上镇群，以浅变质的砂岩、板岩为主夹裂谷型双峰式火山岩（玄武岩、流纹岩），不整合于张村群之上；中部为南华系海相碎屑岩、冰碛泥砾岩夹灰岩；上部为震旦系硅质岩、碳酸盐岩。
古生界主要分布于三清山山体周围及周边地区，寒武系以碳酸盐岩为主夹泥、硅质页岩，底部为黑色页岩；奥陶系以页岩为主夹瘤状灰岩，产丰富的笔石动物化石；志留系为泥砂质碎屑岩；泥盆系为砂砾岩、石英砂岩、粉砂质页岩，往往不整合于前泥盆系之上；石炭系与二叠系为碳酸盐岩。中生界以侏罗系和白垩系为主。
三叠系局部分布，中下部为碳酸盐岩与页岩、上部为含煤碎屑岩且往往不整合于早期地层之上；侏罗系出露于三清山外围的中生代盆地的边缘地带，下部为浅色砂岩、中部为杂色砂页岩并产有硅化木化石、上部为陆相火山杂岩；白垩系分布于三清山外围的中生代陆相盆地内，以红色及杂色碎屑岩系为主，下部为陆相火山碎屑岩，上部产有恐龙蛋及恐龙骨骼化石。
新生界仅发育第四系，且分布局限，主要分布于沟谷凹地和平地，以冲洪积粘土、亚粘土、砂砾石层或碎石粘土层为主 [1]
褶皱构造
分布于三清山的北西、北东部，为由南华系—志留系沉积盖层组成的北东向侏罗山式褶皱。在区域上本期褶皱常被侏罗纪以来的地层不整合覆盖，故推断其应为印支期褶皱。主要有:
（1）黄土岭复式背斜：位于三清山北西部的黄土岭一带，属于区域上的黄土岭—开化复式背斜的一部份，其轴线走向北东，褶皱向北东倾伏、向南西撒开，区内延长约15km。轴面近直立，两翼产状比较紊乱，北西翼产状较陡，为300~350°∠30~75°，南东翼
产状较缓，为120~150°∠30~60°。核部地层为
南华纪地层，翼部地层由震旦纪—奥陶纪地层组成。南翼出露较广泛，常形成一些次级背向斜构造。
（2）华眉山向斜：分布于三清山的北东部，其轴线走向北东—南西向，其南西端起于怀玉山岩体旁侧，北东端经源头向区域上延伸，轴线走向67°，北西翼略陡，倾角40°~60°，南东翼较缓，倾角30°~50°。核部地层为早奥陶世印渚埠组，翼部由晚寒武世地层组成 [1]
断裂构造
区内断裂构造非常发育，断裂方向主要为北东向，其次为北北东向、北西向，从形成时间上来看，北东向断裂最早形成，其次为北北东向，而北西向断裂带最晚形成。主要断裂构造有正断层、逆断层等。主要断层为枫林—紫湖镇断裂带、小坑—芭蕉坞断层、芭蕉坞—下西坑断层，它们均以正断层性质为，形成断层谷并把三清山主体部分切割成了一个“三角形断块山”。
三清山花岗岩中的一个断裂带 [3]（1）枫林—紫湖镇花岗岩断层：位于三清山东南部，由数条呈北东50°~60°延伸断层所组成，倾向南东，倾角60°。北西盘上升，南东盘下降。沿断层见有早期剪切活动形成的劈理化带、片理化带和后期活动形成的断层角砾岩带，宽10~40m，为一多期活动断裂，沿断层为沟谷水系。如线状冲沟、“膝”状延伸的水系等。
（2）鹅公岭—下西坑花岗岩断层：位于三清山东—北东部，走向北西，倾向北东，倾角65°~70°，其南西盘上升，北东盘下降。断层面发育片理化花岗岩、构造角砾岩，岩石强烈硅化，矿物重结晶，见石英晶簇和玛瑙。沿断层形成断层谷地貌，在其南东段还断断续续可见硅化带形成的断层崖。
（3）小坑—芭蕉坞花岗岩断层：位于三清山北西部，走向北北东，倾向北西，倾角70°，切断了北东向断层，其南东东盘上升，北西西盘下降。顺断层发育构造角砾岩、硅化岩、碎裂岩。沿主断层走向形成断层谷地貌 [1]
岩石构成
三清山地区岩浆岩活动较频繁，岩浆岩分布较广泛，其岩浆岩主要为
三清山岩体情况(4张)
超酸性侵入岩，即燕山晚期形成的三清山花岗岩体（属怀玉山岩体的一部分），构成了三清山的主体。三清山花岗岩体位于三清山山体的中心部位，其平面形态呈不规则状，在山体内出露面积约98km
2。花岗岩侵入于黄土岭复式背斜南翼的南华纪—奥陶纪地层中，呈岩基、岩株状产出，侵入接触界线不规则，呈波状、港湾状或枝叉状，接触面产状倾向围岩。内接触带见1~3cm宽的致密坚硬的细晶冷凝边，岩体中残留顶盖常见，为浅剥蚀程度。外接触带具较强的热接触变质作用，形成宽500~2000余米的热接触变质晕。岩体内原生流动构造不发育，继承性脉岩发育，主要有花岗细晶岩、伟晶岩、花岗斑岩、闪长玢岩及辉长辉绿岩脉等。岩体内常见较多大小不等，形态不规则的暗色矿物相对富集闪长质包体。围岩蚀变主要有矽卡岩化、硅化及绿泥石化等。岩体主要矿物成分为钾长石、斜长石、石英、
黑云母等。
三清山花岗岩体内，常见有较多大小不等，形态不规则的暗色矿物相对富集的闪长质包体。花岗杂岩体明显受北东向断裂构造控制，但岩体的侵入接触界线不规则，岩体中残留顶盖发育，外接触热变质带出露宽度较大，原生流动构造不明显，岩石的氧化系数平均为0.47。花岗岩基中的主体侵入期岩体分为三个相带，边缘相为细粒似斑状钾长花岗岩，过渡相为中粒至中粗粒似斑状钾长花岗岩，中心相仅见于沟谷中为粗粒似斑钾长花岗岩，且围岩残留顶盖较多，说明岩体剥蚀程度浅。花岗岩的侵位深度估算为4000~4500m。
三清山花岗岩的主期侵入体可划分为三个相带，即：
边缘相：岩性为细粒（微细粒—含斑）斑状黑云二长花岗岩；
过渡相：岩性为中细粒斑状黑云钾长花岗岩；
内部相：岩性为中粗粒斑状黑云钾长花岗岩。
三个相带在平面上并未构成同心环状形态，尤其是内部相成不规则状分布，这是由于岩浆上侵过程中区内构造应力场变化较大、岩浆冷凝结晶的环境较动荡，加上地壳上升后，地形切割程度和剥蚀程度的不均一性造成的。
在三清山花岗岩体的内部，主要发育两组方向的垂直节理，其一为北东—北北东走向、其二为北西走向，二者构成棋盘格式的组合方式。这些节理裂隙构造均具张—剪性特征，密度稀，强度大，延伸长，切割深，呈带状产出，是三清山花岗岩成景的主控改造。另外区内还发育一组近水平节理，它们共同组成的裂隙网络，经冲刷剥蚀风化作用，形成各种造型独特的景观。节理的构造形迹在大多数的峰林景观中均可见及。前者自南西往北东，整体走向具有由收敛至撒开的趋势，在宏观上形成似帚状产出，发育规模较大，在空间上往往呈带状展布，是控制西部峰墙（西海重墙、九天长城等）和南部峡谷（福寿门、一线天等）的主要构造。后者总体走向北西向，往南东部略转向近南北，其规模自北往南逐渐加大，且呈带状产出，是控制中部峰柱、南东部峰墙及部分峡谷的主要构造。另外花岗岩中还发育一组近水平节理，是造型石景的主控构造，即峰墙、峰柱等景观经水平节理切割和风化剥蚀冲刷作用，形成各种造型独特的景观 [1]。
